Aby rozpocząć proces wodorowania silnika, jednostka napędowa musi być rozgrzana do temperatury pracy. Następnie przez dolot silnika wpuszczany jest do wnętrza komór spalania wodór. Zasada działania wodorowania silników polega zatem na chwilowym podniesieniu temperatury spalania, co pozwala wypalić zalegający na zaworach, tłokach i pierścieniach nagar. Saam proces wodorowania trwa około 60 minut i w odstępach kwadransowych następuje przegazowanie silnika, aby krótkotrwale zwiększyć temperaturę. Aby wodorowanie dało naprawdę zauważalne efekty, należy tę czynność powtarzać regularnie, zgodnie z zaleceniami producenta. Najlepiej aby odbywało się to co 15 tysięcy kilometrów.